通常、住宅ローンの借り換え時に違約金を支払うなどのペナルティはありません。（すべての住宅ローンについて調査していませんので100％無いとは言い切れませんが、少なくともそのような話は耳にしたことはありません）

注文住宅の場合、地銀の住宅ローンが対応していることが多い分割融資を利用するケースが多数ありますが、住宅が完成・居住した後、すぐに住宅ローンを借り換えることは可能です。また、新規借り入れ時に支払った事務手数料などは返金されませんし、保証料を前払いしている場合、全額返金される金額は多くはありませんので、最初に利用する住宅ローンは初期費用が少ない商品の方がトータルの費用を抑えやすいと思います。

なお、ご懸念されている通り、ネット銀行の住宅ローンの審査に落ちてしまった場合、借り換えできないことになります。これはその時が来てネット銀行の住宅ローンの審査に申し込んでみるしか正確に知る方法はありませんし、住宅ローンは職業・年収・勤続年数・物件情報などなどの観点で総合的に審査されますので、「どれほどのリスクがあるか」はお答えすることは難しいです。満足できる回答になっていないかもしれませんがご参考になれば幸いです。

地銀からのネット銀行へスイッチする場合
地銀の違約金発生はないのでしょうか？

土地先行の融資から
一年以内に一括返済をするにあたり
ネット銀行へ切り替えられないリスクが
どれほどあるか確認したいです。

1年程、そのまま地銀で借りて地銀と金利交渉して決めようと思います。

最初の借り入れ時に地銀と金利交渉できれば良いのですが、なんとなくハードルが高いんですよね。

コメントありがとうございます。

いただいた内容を、仮の金額で表現すると、
①土地＋住宅の建築費用で4,000万円。内訳は土地が1,500万円、建物が2,500万円。
②手元に1,500万円あるので、土地の購入資金は現金で支払うことができる。つなぎ融資は残金の2,500万円だけにして利息を節約する。
④手元に資金は残しておきたいので住宅ローンは4,000万円借りる。
ということかと思います。

住宅ローン＆つなぎ融資の組み合わせは様々ありますので、全てのケースに当てはまるとは言えませんが、一般的には住宅ローンの審査で4,000万円の融資で通過していれば可能と考えます。

はい、当サイトで紹介している方法は、要は「家が完成したらすぐに借り換えてしまう」という方法なので借り換えでの審査申込を想定しています。

また、一般的なネット銀行では、「土地の費用のみ」の融資に対応した住宅ローンは提供していません。土地購入資金を融資してもらう場合はつなぎ融資を利用するのが一般的です。なお、ネット銀行ではありませんが、新生銀行は土地の融資に対応したつなぎ融資を提供しています。BD様の希望する条件に合致しているかわかりませんがご参考までです。

ネット銀行の審査は「新規」ではなく「借り換え」で行えばよろしいんですよね？
重複していたらすいません。

また現在、土地だけを無担保ローンで借りようとしているのですが、その場合だとネット銀行は土地代金まで貸してくれないのでしょうか？

レポートいただきありがとうございます。先に事務手数料が2.2％(税込）で金利が年0.410%の住宅ローンと事務手数料が33万円で年0.537%の住宅ローンの総支払額についてコメントします。変動金利は金利が確定せず金利が高くなる可能性がある金利タイプなので、断言できることは少ないという前提で読みください。まず「借入期間」が影響してくるとお考えください。例えば、35年返済のように返済期間が長いと金利・利息の低い住宅ローンが有利になり、20年・25年返済のように比較的短期間で計画する場合は事務手数料の安い住宅ローンが有利になってきます。また、返済期間を短縮したり毎月の返済額を減らすための「繰り上げ返済」をどの程度積極的に行うかも影響してきます（繰り上げ返済を積極的に行うと返済期間の短縮や元本返済スピードが早まるため）。
また、最近取り扱いが増えている「がん50％保障」が付帯する住宅ローンで繰上げ返済する場合に注意しておきたいポイントもありますので参考記事を紹介しておきます。おそらく利用を検討されていると思いましたので。（参考記事：https://housingloan-hikaku.net/feature/jibun_bank_otoshiana#index4）

なお、前半部分でご質問いただいた件ですが、「最終融資実行を待たずして全額返済する」という方法が受け入れてもらえるのかは不明です。（この記事で紹介しているのは、最終融資が実行された後に速やかに住宅ローンを借り換えるという方法なので、元の銀行の住宅ローンをいったんは利用する前提です。従って、最初の住宅ローンを提供する金融機関に抵当権を設定する費用は発生することを想定しています。）

いずれにせよ、断定的なコメントは難しく、審査に通られている本命の住宅ローンを提供する金融機関や「元の銀行」にお問い合わせいただくのが確実かと思います。お役に立てず申し訳ありません。

また、よろしければ、最終的にどのように決着したか報告いただけますと幸いです。